上海中药行业协会成立于1989年12月，是以上海市中药工商企业为主体的社会团体。现有会员单位两百余家，会员企业覆盖率达到上海市中药行业企业总数的93%。行业主管部门是上海市经济和信息化委员会。
秘书处是行业协会的日常办事机构，下设咨询部、办公室、行业部、培训部、信息办公室、《中成药》杂志编辑部等部门。上海中药行业协会的分支机构有：“中药饮片专业委员会”、“中药制药专业委员会”和“参茸专业委员会”。另有上海市中药行业职业技能培训中心和上海中药行业协会技术咨询服务部。信息平台有网站、微信公众号和《上海中药行业信息》。
上海中药行业协会是一个集科、工、贸于一体的综合性协会，是一个专业性强、规范管理要求高的特殊行业。协会立足于“服务、自律、代表、协调”四项基本职能，围绕中药经济发展，对本行业的发展战略、创新发展、技术进步等方面进行调查研究，提出对策建议，参与制定行业发展规划；协会接受政府相关职能部门的政府购买项目，负责本行业经济运行相关数据统计；协会积极开展行业自律管理，组织开展全行业的规范服务；协会为会员单位提供各种信息和技术咨询服务，开展国内外经济技术交流活动，组织中药职业技术培训，提高上海中药行业的整体素质；强化信息沟通，开展特色服务工作，推进行业诚信建设，提升行业社会影响力；弘扬中医药文化，推动传承创新，促进上海中药产业高质量发展。
上海中药行业协会被上海市人力资源和社会保障局认定为上海市高技能人才培训基地。同时两次被上海市民政局审定评估为5A级社团。
